CircRNA（Circular RNA），是一类不具有 5' 末端帽子和 3' 末端 poly（A）尾巴、并以共价键形成稳定闭合环状结构的非编码 RNA 分子。 CircRNA 广泛存在于生物细胞中，对 miRNA 起重要的调控作用，进而调控基因表达。随着高通量测序技术的发展， CircRNA 在多种真核生物体内被大量鉴定出来，利用高通量测序技术，对生物样本中的CircRNA 进行鉴定、表达丰度检测及结构分析，是 RNA 领域的研究热点，推动更深入的基因表达研究。
CircRNA实验设计为差异比较，常见的类型是实验组与对照组进行两两比较；若考虑时空因素，如按照不同生长发育阶段或疾病发生发展整个过程进行比较，即进行多重比较分析。然后对差异的circRNA来源基因进行预测和富集分析。
| 分析内容 | ||
|
原始数据整理、过滤及质量评估 参考基因组注释信息整理 比对到参考基因组及结果评估 CircRNA筛选鉴定 CircRNA注释 CircRNA表达量统计 不同表达区间cicrRNA数量统计 cicrRNA表达量密度分布 样品相关性检测 PCA分析 CircRNA差异表达分析 多组差异表达分析 |
差异cicrRNA聚类分析 差异cicrRNA趋势分析 CircRNA来源基因分析 差异circRNA GO富集分析 差异circRNA KEGG富集分析 CicrRNA与miRNA互作分析 基因组圈图 组间共有特有差异cicrRNA可视化 可视化平台搭建 共表达网络分析 cicrRNA-mRNA-miRNA联合分析 |
|
CircRNA在肌细胞分化过程中的作用
本研究通过RNA-Seq筛选人和老鼠（C2C12）肌母细胞分化成肌管细胞（myotubes ）过程以及肌营养不良症状态下差异表达的circRNA，然后利用RNA干扰（RNAi）技术找到在肌肉分化过程中起作用的circRNA。并且发现其中一个circRNA序列中含有开放阅读框从而又进一步证明其具有编码蛋白的能力。
哺乳动物肌细胞分化中circRNA的注释