长链非编码 RNA（Long non-coding RNA, LncRNA）是长度大于 200 个核苷酸的非编码 RNA（不含 rRNA）。研究表明 , LncRNA 在剂量补偿效应、表观遗传调控、细胞周期调控和细胞分化调控等众多生命活动中发挥重要作用，成为遗传学研究热点。通过 LncRNA 测序，可以快速获得与其生物学过程或者疾病相关的 LncRNA 表达变化，促进其深入研究。
LncRNA实验设计为差异比较，常见的类型是实验组与对照组进行两两比较；若考虑时空因素，如按照不同生长发育阶段或疾病发生发展整个过程进行比较，即进行多重比较分析。然后对LncRNA进行靶基因预测和富集分析。
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原始数据整理、过滤及质量评估 参考基因组注释信息整理 比对结果基本统计 比对区域分布统计 比对结果的可视化 基因覆盖均一度 mRNA表达量分析 READS在已知类型基因的分布 不同表达区间基因的统计 样本间共有特有表达基因统计 mRNA FPKM密度分布 mRNA FPKM饱和度 mRNA 样品相关性检验 mRNA PCA分析 基因表达差异分析 多组差异表达分析比较 差异基因聚类分析 差异基因趋势分析 表达差异基因GO富集分析 表达差异基因KEGG通路富集分析 差异表达基因蛋白互作网络分析 |
外显子表达差异分析 转录因子分析 mRNA新转录位点统计和注释分析 cSNP和indel统计和注释分析 差异可变剪切分析 UTR分析 LncRNA拼接 LncRNA编码潜能分析 LncRNA表达量分析 LncRNA表达差异分析 LncRNA多组差异表达分析比较 差异LncRNA聚类分析 差异LncRNA趋势分析 LncRNA靶基因预测和富集分析 差异lncRNA与差异靶基因互作分析 mRNA+lncRNA基因组圈图 组间共有特有差异mRNA+lncRNA可视化 mRNA转录本表达差异分析 mRNA+lncRNA共表达网络分析 ceRNA分析 |
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LncRNA-BLACAT2促进膀胱癌相关的淋巴管生成和淋巴结转移
本研究报道的lncRNA LINC0095在LN转移性膀胱癌中显着上调并且与LN转移相关，还证明了BLACAT2通过直接与WDR5结合在表观上调控VEGF-C的表达，这些发现揭示了膀胱癌淋巴结转移的分子机制，并表明BLACAT2可能是临床干预LN转移性膀胱癌的一个靶点。
BLACAT2过表达与膀胱癌淋巴结转移及预后不良相关