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迈杰转化医学研究(苏州)有限公司

LncRNA测序

LncRNA测序

LncRNA测序介绍

  • 长链非编码 RNA(Long non-coding RNA, LncRNA)是长度大于 200 个核苷酸的非编码 RNA(不含 rRNA)。研究表明 , LncRNA 在剂量补偿效应、表观遗传调控、细胞周期调控和细胞分化调控等众多生命活动中发挥重要作用,成为遗传学研究热点。通过 LncRNA 测序,可以快速获得与其生物学过程或者疾病相关的 LncRNA 表达变化,促进其深入研究。

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方案设计

LncRNA实验设计为差异比较,常见的类型是实验组与对照组进行两两比较;若考虑时空因素,如按照不同生长发育阶段或疾病发生发展整个过程进行比较,即进行多重比较分析。然后对LncRNA进行靶基因预测和富集分析。

分析内容

分析内容
原始数据整理、过滤及质量评估
参考基因组注释信息整理
比对结果基本统计
比对区域分布统计
比对结果的可视化
基因覆盖均一度
mRNA表达量分析
READS在已知类型基因的分布
不同表达区间基因的统计
样本间共有特有表达基因统计
mRNA FPKM密度分布
mRNA FPKM饱和度
mRNA 样品相关性检验
mRNA PCA分析
基因表达差异分析
多组差异表达分析比较
差异基因聚类分析
差异基因趋势分析
表达差异基因GO富集分析
表达差异基因KEGG通路富集分析
差异表达基因蛋白互作网络分析
外显子表达差异分析
转录因子分析
mRNA新转录位点统计和注释分析
cSNP和indel统计和注释分析
差异可变剪切分析
UTR分析
LncRNA拼接
LncRNA编码潜能分析
LncRNA表达量分析
LncRNA表达差异分析
LncRNA多组差异表达分析比较
差异LncRNA聚类分析
差异LncRNA趋势分析
LncRNA靶基因预测和富集分析
差异lncRNA与差异靶基因互作分析
mRNA+lncRNA基因组圈图
组间共有特有差异mRNA+lncRNA可视化
mRNA转录本表达差异分析
mRNA+lncRNA共表达网络分析
ceRNA分析

案例解析

LncRNA-BLACAT2促进膀胱癌相关的淋巴管生成和淋巴结转移

本研究报道的lncRNA LINC0095在LN转移性膀胱癌中显着上调并且与LN转移相关,还证明了BLACAT2通过直接与WDR5结合在表观上调控VEGF-C的表达,这些发现揭示了膀胱癌淋巴结转移的分子机制,并表明BLACAT2可能是临床干预LN转移性膀胱癌的一个靶点。

图片1
BLACAT2过表达与膀胱癌淋巴结转移及预后不良相关