全转录组即特定细胞或组织在某一功能状态下转录产物 (mRNA、 LncRNA、 CircRNA 以及 microRNA) 的合集。全转录组测序可对同一个样品同时进行 mRNA、 LncRNA、 CircRNA 和 microRNA 的单独分析，还可进行多种 RNA联合分析以及内源竞争性 RNA 整合分析，分子标记筛选等，探究其潜在的调控网络机制，揭示转录调控问题。主要应用于免疫机制、疾病领域、发育进化、致病机理和药物靶标等方面的研究。
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READS在已知类型基因的分布 基因表达差异分析 差异基因趋势分析 表达差异基因GO富集分析 表达差异基因KEGG富集分析 差异表达基因蛋白互作网络分析 外显子表达差异分析 LncRNA与mRNA的比较分析 LncRNA表达差异分析 差异LncRNA趋势分析 LncRNA靶基因GO富集分析 LncRNA靶基因KEGG富集分析 差异LncRNA与差异靶基因互作分析 LncRNA与miRNA互作分析 CircRNA差异表达分析 |
CircRNA来源基因分析 差异circRNA GO富集分析 差异circRNA KEGG富集分析 circRNA与miRNA互作分析 miRNA差异表达分析 差异表达miRNA趋势分析 miRNA靶基因GO富集分析 miRNA靶基因KEGG富集分析 mRNA+lncRNA+circRNA+miRNA联合分析 mRNA+lncRNA+circRNA+miRNA基因组圈图 组间共有特有差异mRNA+lncRNA+circRNA+miRNA可视化 mRNA+lncRNA+circRNA+miRNA可视化平台搭建 mRNA+lncRNA+circRNA+miRNA共表达网络分析 ceRNA分析 |
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ceRNA调控网络解析泡桐属植物疾病
长非编码 RNA（LncRNA）、环状 RNA（CircRNA）和微小 RNA（MiRNA）在生命活动的调控中起着重要的作用。然而，它们在泡桐中的作用尚不清楚。识别 LncRNAs, CircRNAs, miRNA 通过对正常和被感染的泡桐丛枝病（Pawb）的RNA 序列分析，探讨了它们在泡桐病发病过程中的作用。总共鉴定出 3126 个 LncRNAs、 1634 个 CircRNAs 和 550 个miRNAs。其中 229 个 LncRNAs、 65 个 CircRNAs 和 65 个 miRNAs 有显著差异表达。构造 ceRNA 网络由 5 个 miRNA、4 个 CircRNA、 5 个 LncRNAs 和 15 个 mRNA 组成，它们在健康和感染的泡桐中均有不同程度的表达。本研究提供了泡桐中候选的 ceRNAs，揭示了 Pawb 的分子机制。
ceRNA网络