Small RNA 是一类重要的体内调节分子，长度在 18-30nt，主要包括 miRNA、 siRNA 和 piRNA。在基因表达调控、生物个体发育、代谢及疾病的发生等生理过程中起着重要的作用。Small RNA 测序采用 Illumina 测序平台，研究某一物种特定组织在特定状态下的已知 Small RNA，也可发现新的物种或组织特异Small RNA并预测其靶基因，为研究 Small RNA 的功能及此物种的基因调控机制提供了有力工具，已广泛应用于动植物的研究和医学领域。
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原始数据过滤 Clean reads长度分布统计 基因组比对 已知miRNA注释 ncRNA分析 重复序列比对 内含子、外显子比对 Small RNA分类注释统计 已知miRNA碱基偏好性 已知miRNA碱基编辑 miRNA保守性分析 miRNA家族分析 miRNA表达量统计分析 不同表达区间的miRNA统计 样本间共有特有表达miRNA分析 miRNA表达量密度分布 |
样品相关性检测 PCA分析 miRNA差异表达分析 多组差异表达分析比较 差异表达miRNA聚类分析 差异表达miRNA趋势分析 新miRNA预测 新miRNA表达量统计 新miRNA差异表达分析 miRNA靶基因预测 靶基因富集分析（GO） 靶基因富集分析（KEGG） miRNA与mRNA互作分析 组间共有特有差异基因可视化 已知piRNA注释 |
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组织中miRNA在巴雷特食管非内窥镜诊断中的选择与应用
本研究分析了38例Barrett’s esophagus（BE）和26例正常食管患者内镜时采集的2组独立食管活检组织的miRNA的表达谱，确定了一种可以识别BE患者细胞海绵样本的图谱，AUC为0.93.此外mir-194通过表现遗传在BE样品中表达增加，推测这可能与BE的发病机制有关。
Mir192/194和miRNA启动子区域低甲基化形成mir192-194-2共表达簇