微生物重测序是基于高通量测序数据，与近缘参考基因组进行比对，进行变异检测的方法。通过重测序可以获得目标基因对于参考基因组的SNP、InDel、SV等一系列变异信息，从中尝试对基因组之间的性状差异进行解析，或作为标记进行大规模的进化分析。
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原始数据整理 质量控制 高质量数据获取 参考基因组整理 序列比对分析 序列比对结果统计 SNP检测及注释 INDEL检测及注释 CNV分析 SV分析 |
非同义SNP及Indel的可视化 基于群体SNP的进化树重构 基于群体SNP的PCA分析 基因组序列拼接 基因组拼装效果评价 全基因序列比对 区域的功能分析 外源插入片段检测 耐药位点检测 |
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比较基因组揭示酵母进化关系
本研究对29种（新测16种）有生物及时应用背景的酵母进行了比较基因组学分析，鉴定出遗传密码的改变CUG-Ser——CUG-Ala，通过进化分析、比较基因组分析和酵母代谢通路分析等，研究了菌株间的进化关系，找到了内在的进化规律，为以后的生产研究提供了思路。
代谢性状及其基因的分布